سازمان منافقین داستان عبرت‌آموزی است از افرادی که مبارزه را آغاز کردند اما به تدریج دچار تغییر و انحراف شدند. این روایت نشان‌دهنده خطراتی است که ممکن است در مسیر مبارزه به وجود آید و نتیجه‌اش فاصله گرفتن از اصول اولیه باشد.